Пузырница физалисовая многолетнее растение с восходящим, почти ползучим корневищем, до 0,8 см толщиной. Стебли немногочисленные, прямые, вверху ветвящиеся и паутинистые от опушения из членистых волосков, у основания покрыты чешуевидными листьями, опадающими при цветении. Листья цельнокрайние или тупо выемчатые, черешковые, с яйцевидной или сердцевидной коротко заострённой пластинкой. Цветки немногочисленные, в верхушечных зонтиковидных соцветиях. Венчик фиолетовый, воронкообразный, с пятилопастным отгибом до 20 мм. Чашечка во время цветения трубчато-колокольчатая, при плодах вздутая, яйцевидная, почти шаровидная, с сетчатым жилкованием. Коробочка шаровидная, около 1 см в диаметре. Цветёт в мае, плодоносит в июне. К концу июня листья засыхают, и растение отправляется на покой.